El doctor Alan Grant, ansioso por conseguir fondos que financien su estudio sobre la inteligencia del velociraptor, acepta la oferta de una pareja de millonarios, Paul y Amanda Kirby, para sobrevolar la Isla Sorna (Costa Rica), poblada por dinosaurios creados genéticamente. Tras un aterrizaje forzoso en la isla, Alan descubre que los Kirby estaban buscando a su hijo adolescente, perdido en la isla tras un accidente de parapente.

El prólogo de la película reconoce los eventos de Godzilla (película de 1954) (utilizando al monstruo Godzilla de 1954 en lugar de un sucesor de Godzilla), al mismo tiempo que inventa su propia línea de tiempo. Explica que el Destructor de Oxígeno nunca fue utilizado aquí y que la capital de Japón se trasladó de Tokio a Osaka. La película tiene lugar en un universo alternativo con tecnología avanzada, explicando que en 1966, Godzilla ataca la primera planta nuclear japonesa en Tokai, Ibaraki, prefectura de Ibaraki. Después de esto, los G-Graspers, una sección de las Fuerzas de Autodefensa Japonesas, se dedicaron a luchar contra Godzilla. En 1996, la energía de plasma limpia reemplazó a la energía nuclear, pero esto no impidió que Godzilla atacara. La energía de plasma también está prohibida, debido a que Godzilla atacó la energía de fusión de plasma original.